К осени 1884 года реставрация главного корпуса и каменного надворного флигеля была почти завершена, 5 октября 1886 года состоялось торжественное открытие епархиального училища.
1 июля 1891 года училище посетил цесаревич Николай Александрович Романов (впоследствии последний русский император Николай II).
Протоиерей Иннокентий Александрович Нарциссов — с 1886 года член совета Красноярского епархиального женского училища, с 1889 по 1895 год — председатель совета.
Для поступления в училище нужно было выдержать вступительные экзамены. В первый класс принимались девицы не моложе 10 лет, умеющие читать по-русски и церковнославянски, писать без грубых звуковых ошибок, считать и производить простейшие вычисления над числами в пределах сотни, знающие молитвы и знакомые с важнейшими библейскими событиями Ветхого и Нового Завета.
Список предметов, изучаемых в училище:
- Закон Божий;
 - История христианской церкви;
 - Педагогика;
 - Русский язык;
 - Церковнославянский язык;
 - Словесность;
 - Чистописание;
 - Арифметика;
 - Физика и геометрия;
 - Всеобщая и русская география;
 - Гражданская всеобщая и русская история;
 - Пение.